«Έρχονται και λένε, τώρα, να μη βάλουμε Σταυρό στη Ροτόντα. Κύριε ελέησον. Εμένα, ο δήμαρχος, που δεν έχει απόλυτη αρμοδιότητα αλλά είναι τοπικός άρχοντας, μου είπε να μπει ο Σταυρός. Έχει γίνει συμφωνία και αυτό θα ισχύσει. Γιατί να μαλώνουμε; Ο Σταυρός θα μπει και αν θέλουν να ρωτήσουμε τον κόσμο, να κάνουμε δημοψήφισμα. Ήρθε χθες στη Θεσσαλονίκη και επισκέφθηκε τη Ροτόντα ο υπουργός Παιδείας. Και όμως δεν κάλεσαν τη Μητρόπολη. Γιατί; Μάλλον δεν ήθελαν το ράσο», ανέφερε χαρακτηριστικά ο Άνθιμος.
Την αντίδραση του Άνθιμου πυροδότησε η τοποθέτηση Μπαλτά, ο οποίος υπογράμμισε ότι δεν θα είχε πρόβλημα να λειτουργήσει το μνημείο ως τζαμί, λέγοντας πως «όλες οι εργασίες που έχουν γίνει κρατούν επί της ουσίας τον διαπολιτισμικό, διαθρησκευτικό και ιστορικό του χαρακτήρα και άρα κανείς δε θίγεται αν η Ροτόντα λειτουργήσει πολυπολιτισμικά με όλων των ειδών τις δράσεις στο εσωτερικό της».
Καρφιά Άνθιμου κατά Θεολογικής Σχολής ΑΠΘ
Πέρα από την κόντρα με τον Α. Μπαλτά, ο Άνθιμος αναφέρθηκε στην ίδρυση τμήματος Ισλαμικών Σπουδών στη Θεολογική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (ΑΠΘ) και ξεκαθάρισε, σύμφωνα με το agioritikovima.gr, πως δε μπορεί να γίνει δεκτό ένα τμήμα ισλαμικών σπουδών.
«Δεν μπορούμε να δεχθούμε ένα τμήμα ισλαμικών σπουδών. Κι αν αυτό ίσχυε πριν από τρία χρόνια, φανταστείτε τι ισχύει σήμερα με τις πληροφορίες που έχουμε από τη θρησκεία αυτή που έχει αναστατώσει τον κόσμο. Δεν μπορεί να ταιριάξει η Ορθόδοξη Θεολογία με το Ισλάμ. Έζησα έντονα την Θράκη επί 30 χρόνια, και οι Μουσουλμάνοι έχουν την καλύτερη ζωή. Αν δεν την είχαν, θα είχαν επαναστατήσει. Και τους το είπα, πως είναι τυχεροί που σε σχέση με τους άλλους ομόθρησκούς τους στην Τουρκία και αλλού, γιατί είναι κάτοικοι της Ελλάδας και της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Κάντε τμήμα για το Ισλάμ σε μια άλλη σχολή, όχι στην καρδιά της Θεσσαλονίκης. Υπάρχουν κι άλλοι λόγοι αλλά δεν μπορώ να τους αναφέρω», δήλωσε ο Μητροπολίτης Θεσσαλονίκης.