Σε συνέντευξη που παραχώρησε στην αυστριακή εφημερίδα Kurier, ο πρόεδρος της Κομισιόν εμφανίζεται δυσαρεστημένος από τη στάση του προέδρου της Τουρκίας, που θέτει εν αμφιβόλω τη συμφωνία ΕΕ –Τουρκίας για τις προσφυγικές ροές. «Ο κίνδυνος είναι αυξημένος. Η επιτυχία της συμφωνίας μέχρι τώρα είναι εύθραυστη. Ο Ταγίπ Ερντογάν έχει ήδη αφήσει να εννοηθεί επανειλημμένα ότι επιδιώκει να την θέσει υπό αμφισβήτηση».
Ο Γιουνκέρ δεν αποκλείει το ενδεχόμενο του να συνεχίσει η Τουρκία να τηρεί τις δεσμεύσεις της απέναντι στην ΕΕ, αλλά το «σπάσιμο» της συμφωνίας είναι πλέον ορατό και σε μια τέτοια περίπτωση «μπορούμε να περιμένουμε ότι οι μετανάστες θα ξαναρχίσουν να φθάνουν στην Ευρώπη μαζικά».
Παράλληλα, άφησε αιχμές κατά του πρωθυπουργού της Ουγγαρίας, Βίκτορ Όρμπαν, ο οποίος συνέκρινε τη μετανάστευση με «δηλητήριο» για την Ευρώπη και τόνισε ότι η χώρα του «δεν χρειάζεται ούτε έναν μετανάστη». Όπως δήλωσε ο Γιουνκέρ, η στάση της Ευρώπης απέναντι στα όσα είπε ο Όρμπαν, πρέπει να είναι ιδιαίτερα προσεκτική. «Η Κομισιόν θα έπρεπε πραγματικά—αλλά δεν έχουμε φθάσει ακόμη εκεί—να κινήσει μια διαδικασία εναντίον της Ουγγαρίας για παραβίαση των (ευρωπαϊκών) συνθηκών. Αλλά ο κ. Όρμπαν θα δήλωνε σε αυτή την περίπτωση ότι η (Ευρωπαϊκή) Επιτροπή παραπέμπει τον ουγγρικό λαό σε δίκη».