Σε σχετική δήλωσή του, ο Ντ. Τραμπ χαρακτήρισε «κόσμημα» της επιβολής του νόμου το FBI, κάνοντας λόγο για μια νέα αρχή για το Ομοσπονδιακό Γραφείο Έρευνας. Στην επιστολή του προς τον Τζ. Κόμει, την οποία έδωσε στη δημοσιότητα ο Λευκός Οίκος, ανέφερε ότι «είναι σημαντικό να βρούμε μια νέα ηγεσία για το FBI, που να αποκαταστήσει την εμπιστοσύνη της κοινής γνώμης», εκτιμώντας ότι ο πρώην πλέον διευθυντής του Ομοσπονδιακού Γραφείου Ερευνών «δεν ήταν σε θέση να το οδηγήσει αποτελεσματικά».
 
Την αποπομπή του εισηγήθηκε ο Αμερικανός υπουργός Δικαιοσύνης Τζεφ Σέσιονς, σύμφωνα με τον Λευκό Οίκο.
Σημειώνεται ότι ο Τζ. Κόμεϊ βρέθηκε αναμεμειγμένος στην έρευνα για το κατά πόσο η χρήση προσωπικού διακομιστή μηνυμάτων από τη Χίλαρι Κλίντον -ενώ υπηρετούσε ως υπουργός Εξωτερικών κατά την πρώτη θητεία του προέδρου Μπαράκ Ομπάμα- έθεσε σε κίνδυνο την εθνική ασφάλεια. Τον Ιούλιο του 2016 είχε δηλώσει ότι το θέμα πρέπει να κλείσει χωρίς δίωξη, όμως 11 ημέρες πριν από τις προεδρικές εκλογές (8 Νοεμβρίου), ανακοίνωσε ότι είχε ανοίξει ξανά την έρευνα διότι είχε βρεθεί μια νέα παρτίδα ηλεκτρονικών μηνυμάτων που αφορούν την Χ. Κλίντον. Οι Δημοκρατικοί αποδίδουν στην ανακοίνωσή του αυτή την ήττα της Χ. Κλίντον από τον Ντ. Τραμπ στις προεδρικές εκλογές της 8ης Νοεμβρίου.

Ο Τζ. Κόμεϊ επίσης ήταν επικεφαλής της έρευνας από το FBI, σε ό,τι αφορά τη φερόμενη επιρροή της Ρωσίας στις προεδρικές εκλογές.