Σύμφωνα με δημοσίευμα της Εφημερίδας των Συντακτών, το δικαστήριο έκανε δεκτή μόνον την κατηγορία ότι ο νεαρός Σύρος βρισκόταν στο τιμόνι της βάρκας, όχι όμως για οικονομικό όφελος όπως καταδικάστηκε πρωτόδικα, αλλά επειδή ήταν πρόσφυγας που ταξίδευε στην Ευρώπη για να ζητήσει άσυλο.
 
Το δικαστήριο αποφάσισε να μειώσει την ποινή του σε 29 έτη φυλάκισης, με εκτιτέα τα 10 από αυτά, ενώ με βάση το δικαίωμα της υφ' όρον απόλυσης στο ένα τρίτο της ποινής, αναμένεται να βγει άμεσα από τη φυλακή. Σημειώνεται πως ο Σύρος δέχθηκε με θέρμη την απόφαση, ξεσπώντας σε λυγμούς και ευχαριστώντας τους δικαστές.
 
Όπως αναφέρεται, η Εισαγγελία του Ναυτοδικείου Πειραιά, που διερευνούσε τις ενδεχόμενες ευθύνες του Λιμενικού, έβαλε την υπόθεση στο αρχείο, παρότι την ευθύνη για την επιχείρηση έφερε το Λιμενικό, είτε πρόκειται για επιχείριση διάσωσης, είτε επαναπροώθησης. Αυτό συμβαίνει επειδή το ναυάγιο συνέβη καθώς το σκάφος ρυμουλκούνταν από το Λιμενικό.
 
Ακόμη, υπογραμμίζεται ότι οι επιζώντες του ναυαγίου, μεταξύ των οποίων και ο Σύρος, έχουν προσφύγει στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου με τη συνδρομή πέντε ελληνικών και διεθνών οργανώσεων δικαιωμάτων, που ισχυρίζονται, μεταξύ άλλων, ότι το Λιμενικό δεν πήρε τα αναγκαία μέτρα διάσωσης και ότι υπήρξε ελλιπής και αναποτελεσματική διερεύνηση από τις ελληνικές αρχές.
 
Άξιο αναφοράς είναι επίσης το γεγονός πως κανένας επιζών δεν επιρρίπτει ευθύνη για το ναυάγιο στον Σύρο, εξ ου και δέχτηκαν να τον συμπεριλάβουν στην προσφυγή τους στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΔΔΑ). Αντιθέτως, το ελληνικό κράτος επικαλείται την πρωτόδικη καταδίκη του Σύρου για να ισχυριστεί προς το ΕΔΔΑ ότι αποδόθηκε δικαιοσύνη.

Διεθνείς διαστάσεις στην υπόθεση

 
Η τωρινή απόφαση του Πενταμελούς Εφετείου Δωδεκανήσου ανατρέπει τον ισχυρισμό της Ελλάδας, γεγονός που δημιουργεί νέα δεδομένα στην εξέταση της υπόθεσης.
 
Επιπροσθέτως, η υπόθεση έχει πάρει διεθνείς διαστάσεις, με τον Επίτροπο του Συμβουλίου της Ευρώπης Νιλς Μουίζνιεκς να εκφράζει την έκπληξή του για την αρχειοθέτηση της υπόθεσης, ενώ έγινε θεατρική παράσταση που παίχτηκε στο Φεστιβάλ Αθηνών και στο εξωτερικό («Υπόθεση Φαρμακονήσι ή το Δίκαιο του νερού» του Ανέστη Αζά).
 
«Η πολύ σημαντική αυτή απόφαση του Πενταμελούς Εφετείου Δωδεκανήσου έρχεται να αποκαταστήσει το αίσθημα εμπιστοσύνης στην ελληνική Δικαιοσύνη, το οποίο είχε βαρύτατα πληγεί από την νομικώς εσφαλμένη και εν πολλοίς ατεκμηρίωτη κρίση του πρωτοβάθμιου δικαστηρίου. Ταυτοχρόνως, όμως, προσφέρει και αφορμή για προβληματισμό ως προς την ορθότητα της απόφασης του εισαγγελέως του Ναυτοδικείου Πειραιώς να τερματίσει πρόωρα την παράλληλη ποινική διαδικασία που είχε κινηθεί εις βάρος των λιμενικών υπαλλήλων, στους οποίους οι επιβάτες του σκάφους που βυθίστηκε είχαν με τις καταθέσεις τους αποδώσει την ευθύνη για τους θανάτους των συγγενικών τους προσώπων», δήλωσε στην «Εφ.Συν.» ο συνήγορος του Σύρου, Παναγιώτης Χριστόπουλος.
 
«Αναμένουμε με ιδιαίτερο ενδιαφέρον το σκεπτικό τής πολλαπλά σημαντικής απόφασης του Πενταμελούς Εφετείου Δωδεκανήσου. Είναι η πρώτη φορά που οι εθνικές δικαστικές αρχές ασχολήθηκαν πραγματικά με το τι συνέβη στο Φαρμακονήσι και είναι βέβαιο ότι η απόφαση θα συνεκτιμηθεί από το ΕΔΔΑ. Η Εισαγγελία του Ναυτοδικείου Πειραιά έχει αρχειοθετήσει την υπόθεση όσον αφορά τις ποινικές ευθύνες των λιμενικών για την ανατροπή και τη βύθιση του σκάφους, η οποία είχε ως συνέπεια τον πνιγμό 12 ανθρώπων, κρίνοντας αξιόπιστες μέχρι και “καταθέσεις” των διασωθέντων που είχαν ληφθεί από διερμηνείς που δεν γνώριζαν καμία από τις γλώσσες των επιζώντων και στους οποίους, για τον λόγο αυτό, ασκήθηκε ποινική δίωξη», υπογράμμισε η πρόεδρος της Ελληνικής Ενωσης για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου, Κλειώ Παπαπαντολέων.