Η ένταση προήλθε από τις αναφορές της Ντόρας Μπακογιάννη στον Νίκο Κοτζιά, κατηγορώντας τον πως «απειλεί με δημοσιοποίηση απορρήτων εγγράφων» περιφερόμενος στα τηλεοπτικά κανάλια, απαντώντας στις αιτιάσεις της κυβέρνησης για τις θέσεις της Νέας Δημοκρατίας σε αντιδιαστολή με την πολιτική της στο Μακεδονικό τα προηγούμενα χρόνια.
 
«Είναι η γνωστή στη γενιά μας η λογική της Στάζι. Άλλωστε εσείς κύριε Κοτζιά, έχετε εμπειρία από τη συνεργασία σας με το αλήστου μνήμης καθεστώς Χόνεκερ» ανέφερε η Ντ. Μπακογιάννη, προκαλώντας την έντονη αντίδραση του Ν. Κοτζιά, που έκανε λόγο για «ύβρεις» και «αθλιότητες».
 
«Η κ. Μπακογιάννη αναφέρθηκε δημοσιεύματα από περιοδικό που διασυνδέεται με την κ. Μπακογιάννη που έχουν καταδικαστεί από ελληνικά δικαστήρια στο Πρωτοδικείο, στο Εφετείο και τελεσίδικα στον Άρειο πάγο. Με το δικό της άκομψο ως συνήθως τρόπο, τα χρησιμοποίησε, την καλώ να τα πάρει πίσω ή να κάνει άρση ασυλίας της στο Κοινοβούλιο» απάντησε ο υπουργός Εξωτερικών, προαναγγέλλοντας πως εάν δεν ανακαλέσει θα υποβάλει μήνυση εναντίον της, αναφερόμενος στη δικαστική διαμάχη που είχε στο παρελθόν με το περιοδικό «Athens Review Of Books», η οποία κατά τον υπουργό έληξε υπέρ του.
 
«Με μεγάλη χαρά, ελάτε κ. Κοτζιά να τα βάλουμε κάτω. Να δούμε ποιος στην Ανατολική Γερμανία έγραφε βιβλία (σ.σ. αναπαρήγαγε τον ισχυρισμό ότι ο κ. Κοτζιάς έχει γράψει βιβλίο με τον Έριχ Χόνεκερ), με ποιους συνεργαζόταν… Εδώ είμαστε, κάντε μου μήνυση εγώ θα ζητήσω άρση της ασυλίας μου αμέσως» επανήλθε εκ νέου η Ντ. Μπακογιάννη, υποστηρίζοντας πως δεν θα κρυφτεί πίσω από τη βουλευτική της ασυλία, με τον Ν. Κοτζιά να επανέρχεται.
 
«Η κ. Μπακογιάννη, επανέλαβε την ύβρι, για να αποπροσανατολίσει από τα χάλια του κόμματός της στο ζήτημα του Μακεδονικού – Σκοπιανού» απάντησε ο υπουργός Εξωτερικών
 
«Ουδέποτε έκανα έστω και μία ημέρα σπουδών ή άλλων επιστημονικών δραστηριοτήτων στην Ανατολική Γερμανία. Βιβλίο, το οποίο έχω καμάρι μου ότι συνέγραψα με έναν από τους σπουδαιότερους ανθρώπους της Δυτικής Γερμανίας, όταν ήμουν μόλις 19 ετών, καθηγητής του πανεπιστημίου της Ρώμης, υβρίζεται από το περιοδικό που πιθανόν να χρηματοδοτήθηκε από την οικογένεια της κ. Μπακογιάννη. Η κ. Μπακογιάννη έχει κάνει ένα σημαντικό βήμα: Όταν πρωτοέγινα εγώ υπουργός, αμφισβητούσε ότι είχα καν σπουδάσει. Αυτές τις αθλιότητες λέει, αυτές τις προπαγάνδες λέει για να μειώσει τους ανθρώπους. Πρέπει να ντρέπεται» συνέχισε ο Ν. Κοτζιάς, με την Ντ. Μπακογιάννη να του απαντάει και πάλι.
 
«Δεν είστε καθηγητής στο Χαρβαρντ και την Οξφόρδη και υποχρεωθήκατε να το φάτε» του απάντησε η Ντ. Μπακογιάννη, κατηγορώντας τον ότι λέει ψέματα για το βιογραφικό του.
 
«Το δεύτερο που έχω να σας πω είναι ότι το δεύτερο που θέλετε να αποδείξουμε… Κάντε μου μήνυση, ρητά δηλώνω ότι δεν πρόκειται να κρυφτώ πίσω απ' την ασυλία. Ελάτε να πάμε στα δικαστήρια και να βάλουμε κάτω την ιστορία σας, που νομίζω ότι θα θέλετε να την αποδείξετε» τον προκάλεσε το στέλεχος της Νέας Δημοκρατίας, με τον υπουργό να παίρνει ξανά τον λόγο.
 
«Είναι γνωστά τα ψευδή δημοσιεύματα, όσον αφορά την επιστημονική μου κατάρτιση. Η ίδια η κ. Μπακογιάννη, είχε στο κόμμα της τον νυν πρύτανη του πανεπιστημίου Πειραιά, που βεβαίωσε πως ότι είπα είναι αληθές» απάντησε ο υπουργός, συμπληρώνοντας πως «η κ. Μπακογιάννη οφείλει να αποδείξει το πού σπούδασε».
 
Το επεισόδιο στη Βουλή έληξε λίγη ώρα αργότερα, ωστόσο σύμφωνα με κυβερνητικές πηγές που επικαλούνται η Εφημερίδα των Συντακτών και το Documento, το Σάββατο αναμένεται να παρουσιάσει ο υπουργός 33 έγγραφα «ειδικού χειρισμού» που αποχαρακτηρίστηκαν από το υπουργείο Εξωτερικών και σχετίζονται με τις διαπραγματεύσεις των προηγούμενων κυβερνήσεων για το Μακεδονικό.
 
Επίσης, σύμφωνα με άλλα δημοσιεύματα, ο Ν. Κοτζιάς εμφανίζεται έτοιμος να καταθέσει μήνυση κατά της Ντ. Μπακογιάννη, χωρίς ακόμη να έχει επιβεβαιωθεί επίσημα.