Χρειάστηκε να περάσουν 15 χρόνια από την υπογραφή της κύριας σύμβασης και αυτής των αντισταθμιστικών ωφελημάτων για τον εκσυγχρονισμό έξι φρεγατών του Πολεμικού Ναυτικού, και 20 ώρες απολογίας στους ανακριτές διαφθοράς, για να απαγγελθούν κατηγορίες στον υπουργό Άμυνας του 2001-2004 για την νομιμοποίηση εσόδων που φέρεται να έλαβε από παράνομες αμοιβές κατά την άσκηση των καθηκόντων του ως υπουργός το 2003, και να γίνει ο δεύτερος, μετά τον Άκη Τσοχατζόπουλο που οδηγείται στη φυλακή.
 
«Η εργαλειοποίηση της ελληνικής δικαιοσύνης θέτει σε κίνδυνο την ίδια μας τη δημοκρατία. Το δόγμα Πολάκη εφαρμόζεται γενικά», δήλωσε ο κατηγορούμενος κατά την αποχώρησή του από τα ανακριτικά γραφεία, αμέσως μετά την απόφαση των ανακριτών. Το ζεύγος θα περάσει το βράδυ στη ΓΑΔΑ, και το πρωί θα οριστούν από τον εισαγγελέα οι φυλακές όπου θα κρατηθούν.
 
Η απολογία του Γιάννου Παπαντωνίου ξεκίνησε το πρωί της Δευτέρας και ολοκληρώθηκε το απόγευμα της Τρίτης, ενώ ακολούθησε αυτή της συζύγου του, ενώπιον των ανακριτών διαφθοράς, Ηλιάννας Ζαμανίκα και Γιώργου Ευαγγέλου. Κατά το κατηγορητήριο, ο πρώην υπουργός Άμυνας και η σύζυγός του, Στ. Κουράκου, έλαβαν δώρα για να προωθήσει ο Γ. Παπαντωνίου την υπογραφή της σύμβασης εκσυγχρονισμού των 6 φρεγατών τύπου S του Πολεμικού Ναυτικού στην γαλλική εταιρεία THALES καθώς και εκείνη που αφορούσε τα αντισταθμιστικά ωφελήματα που απέρρεαν από αυτήν.
 
Όπως αναφέρει το Αθηναϊκό Πρακτορείο, κατά την διήμερη απολογητική διαδικασία ο Γ. Παπαντωνίου φέρεται να δέχθηκε δεκάδες ερωτήσεις για την σύμβαση που δεκαπέντε χρόνια μετά την υπογραφή της, τον κατέστησε υπόλογο ενώπιον της Δικαιοσύνης. Είναι η σύμβαση 010Β/03 που υπογράφηκε στις 6.2.2003 για τον εκσυγχρονισμό μέσης ζωής έξι φρεγατών τύπου «S» του Πολεμικού Ναυτικού με αντισυμβαλλόμενα μέρη την εταιρεία Ελληνικά Ναυπηγεία Α.Ε. -ως κύριου αναδόχου- και υποκατασκευαστή την εταιρεία THALES NEDER LAND B.V. και του υπουργείου Εθνικής Άμυνας .
 
Στο βαρύτατο κατηγορητήριο, που υπερίσχυσε έναντι των απαντήσεων του πρώην υπουργού και της συζύγου του στην κρίση των δικαστικών λειτουργών για την ποινική τους μεταχείριση, αναφέρεται ότι για την επίμαχη σύμβαση ο Γ. Παπαντωνίου έλαβε ως δώρο το επίμαχο χρηματικό ποσό. Μάλιστα οι ανακριτές θεωρούν τα χρήματα αυτά μέρος ενός ποσού περίπου 4 εκατομμυρίων ελβετικών φράγκων που ερευνάται, καθώς πιθανολογείται πως διατέθηκαν για να προωθηθούν συγκεκριμένες συμβάσεις του υπουργείου Άμυνας. 
 
Το ποσό της δωροδοκίας που καταλογίζεται στον Γ. Παπαντωνίου φαίνεται να είναι σε άμεση σχέση με το κόστος για το έργο της αναβάθμισης των φρεγατών, περίπου 400 εκατομμύρια ευρώ, χρήματα που πλέον οι ανακριτές θεωρούν ζημιά του Δημοσίου. Η δικογραφία αναφέρεται σε εισροές χρηματικών ποσών, από λογαριασμό της γαλλικής εταιρίας, σε λογαριασμό που διατηρούσε στην Γενεύη ο αποβιώσας πλέον αντιπρόσωπος της, Χαράλαμπος Μπεκατώρος. Από εκεί τμηματικά μεταφέρονται στην Κύπρο από όπου γίνονται τμηματικές αναλήψεις ποσών. Τα επίμαχα ποσά κατά τους ανακριτές εμφανίζονται κατατεθημένα σε λογαριασμούς πολιτικού μηχανικού, φίλου του ζεύγους Παπαντωνίου. 
 
Ο μηχανικός που είναι κατηγορούμενος στην υπόθεση , απολογήθηκε πριν λίγες ημέρες στους Ανακριτές Διαφθοράς και αφέθηκε ελεύθερος με χρηματική εγγύηση 500 χιλιάδων ευρώ και απαγόρευση εξόδου από την χώρα.