Ο Π. Πολάκης κρίθηκε ένοχος για εξύβριση, λόγω παλαιότερης αντιπαράθεσης του με τον Β. Μπεσκένη του ΣΚΑΙ, που απεβίωσε το 2018. Η υπόθεση αφορούσε τις δημόσιες καταγγελίες του κ. Πολάκη κατά του δημοσιογράφου, για τον οποίο ο αναπληρωτής υπουργός ισχυριζόταν ότι διορίστηκε στο ΚΕΕΛΠΝΟ όταν αποχώρησε από το γραφείο Τύπου του υπουργείου Υγείας όπου εργαζόταν επί υπουργίας Άδωνι Γεωργιάδη. Με την απόφασή του, το Πολυμελές Πρωτοδικείο Αθηνών δέχθηκε τα επιχειρήματα του Β. Μπεσκένη κι αποφάσισε ότι πρόκειται για «ψευδείς ισχυρισμούς» του υπουργού, που είχαν σκοπό « να προσβάλουν και προσέβαλαν την τιμή και την υπόληψή του». Εκδικάστηκε το ποσό των 18.000 ευρώ στην οικογένεια του.
Το δικαστήριο αποφάνθηκε πως ο Παύλος Πολάκης, αναφερόμενος στους ψευδείς αυτούς ισχυρισμούς του στη Βουλή και μέσω Facebook, «δεν είχε ιδιαίτερη αποδεικτική θεμελίωση». Επιπλέον, έκρινε ότι ο αναπληρωτής υπουργός δεν προσπάθησε καν να βρει αποδεικτικά στοιχεία πριν αποφασίσει να εξυβρίσει τον Βασίλη Μπεσκένη, καθώς αποδείχθηκε ότι η σχετική έρευνα έγινε μετά τις δηλώσεις του και όχι από τον ίδιο, αλλά από την εισαγγελία διαφθοράς.
Κατά τους δικαστές, μετά την έρευνα αυτή αποδείχθηκε, επίσης, ότι ο Βασίλης Μπεσκένης δεν είχε καμία απολύτως σχέση με το ΚΕΕΛΠΝΟ. Η υπόθεση αφορούσε τους ισχυρισμούς του κ. Πολάκη στη Βουλή, κατά την συνεδρίαση της 6ης Μαρτίου 2017 ότι ο πρώην υπουργός Υγείας Άδωνις Γεωργιάδης είχε στείλει μέσω διευθυντή του στο ΚΕΕΛΠΝΟ λίστα με 25 άτομα που διορίστηκαν στον Οργανισμό, μεταξύ των οποίων και ο δημοσιογράφος Βασίλης Μπεσκένης.
Ο Π. Πολάκης απάντησε μέσω Facebook, κατηγορώντας τα γνωστά ΜΜΕ για την καταδίκη του. Τόνισε ότι είχε σταματήσει να ασχολείται με τον Μπεσκένη λόγω της υγείας του, αλλά θα απαντήσει στο εφετείο.